Finalizadas las campañas militares de extensión de la frontera argentina, con su saldo de exterminio y destierro para los pueblos originarios, los misioneros y autoridades militares y civiles establecieron una relación de mutua necesidad, no exenta de discrepancias. Las decisiones políticas de la generación del ’80 en el gobierno, que habían impulsado la separación entre la Iglesia y el Estado, produjeron los momentos de mayor tensión.
El gobernador del Territorio Nacional del Neuquén y el misionero Domingo Milanesio, fueron actores y partícipes de esos desacuerdos.